Se han identificado algunos factores epigenéticos que dañan la estructura del ADN produciendo dichas mutaciones, entre ellas están el humo del tabaco, los rayos UV, productos alquilantes, varios componentes químicos e incluso desechos del propio metabolismo celular. Todos ellos son capaces de producir daño al ADN en la modalidad de rupturas de cadena sencilla y de doble cadena del ADN.

Como es sabido, los genes BRCA1, BRCA2 son genes supresores tumorales, que codifican para proteínas de reparación de daño al ADN, participan en la regulación de otros genes e intervienen en los procesos de recombinación entre secuencias homólogas del ADN.

Un paso esencial en el proceso de reparación por recombinación homóloga es la conformación del llamado complejo MRN, el cual está formado por una molécula de ATM, por el gen Rad50 y por proteínas que, en conjunto con endonucleasas, consolidan la unión con la proteína Rad51. El gen ATM, considerado como de moderada susceptibilidad para el cáncer de mama, tiene un gran potencial oncogénico, ya que se trata de un gen con capacidad de detectar rupturas de doble cadena y activar numerosas proteínas involucradas en el control del ciclo celular y reparación del ADN, por lo que sus alteraciones estructurales dejan desprotegida a la célula contra eventuales mutaciones.

En el cáncer de mama también están involucrados muchos otros mecanismos moleculares, como los que participan en la vía FANC/BRCA, en la que, junto con 11 proteínas, se activa el sistema reparación por recombinación homóloga, respondiendo a la presencia de variantes patogénicas.
La heterogeneidad observada en el cáncer de mama es amplia y cada vez más se descubren mecanismos moleculares en los que participan múltiples genes.