El análisis metagenómico de la flora intestinal permite conocer la presencia y los tipos bacterianos presentes y entender la interacción genoma-medio ambiente en el desarrollo tumoral y en la resistencia al tratamiento, tal como se ha demostrado en diversos tipos de cáncer.

A la fecha, está plenamente demostrado que el virus de la hepatitis “B” o “C”, está vinculado con el cáncer de hígado. La infección por el virus del Papiloma Humano (VPH) es determinante tanto en el cáncer cervico-uterino, cuanto en el cáncer de cabeza y cuello.

La infección por Helicobacter pylori y por el virus de Epstein-Barr (EBV) está relacionada con el desarrollo del cáncer gástrico, así como con el linfoma de Burkitt y el carcinoma nasofaríngeo. También se ha demostrado que el retrovirus de ARN HTLV, está asociado con la leucemia/linfoma de células T del adulto. Tanto como con la relación de fusobacterium en cáncer colorectal y de gammaprotobacteria en el cáncer de páncreas.

Por lo tanto, es importante detectar secuencias del ADN o del ARN derivadas de bacterias o virus, conocidos o no conocidos, que producen inflamación crónica ya que la secuenciación del genoma completo (WGS) puede detectar genomas patógenos integrados al genoma humano huésped.

Estudios de WGS, en el cáncer de hígado, detectaron varios sitios integrados del ADN genómico del virus de la hepatitis B, el cual estaba preferentemente integrado a la región genómica del TERT y MLL4 en el sitio 32,63 de la cadena de ADN.

Estas interacciones/integraciones virales conducen a la inestabilidad genómica local, provocando cambios en el número de copias, sobreexpresión del ADN en sitios de integración, como eventos de fusión humano-humano o humano-virus, además de oncoproteínas derivadas de su genoma.

Estos microorganismos, en conjunto con factores epigenéticos tanto del macro (extracelular) como del microambiente (intracelular), determinan el desarrollo